Le sens de « merci » découle du sens qu’il a gardé en anglais « to have mercy » qui veut dire: « que dieu ait merci de votre âme », qu’il la sauve, la protège, du fait de votre bonne action… Ainsi, on peut rapprocher le mot « merci » à une formule « que la grâce de dieu soit avec vous »…
En ce qui concerne « je vous en prie », c’est une formule d’humilité (il faut se rappeler l’apport de la religion dans le langage très présent en français) qui revient en quelque sorte à dire: je vous prie de ne pas invoquer le nom de dieu car mon action ne mérite pas toutes ces faveurs de dieu…